本局於民國103年8月配合政府組織精簡,將民防科與戶口科整併,新成立防治科(辦理原戶口科戶口業務、民防科民防組訓業務),原民防科「防護業務」移入本局民防管制中心接掌,經整編後本局民防管制中心仍設「業務股」及「修護股」,職掌(一)防情管制、(二)防空警報、(三)海嘯警報、(四)防情通信、(五)防空防護、(六)災害防救應變等業務。 本局組織整編後,為利業務推動及加強為民服務,民防管制中心辦公廳舍亦對應調整,將原駐於鳳山區文龍東路之民防管制中心辦公處所,遷至本局1樓「修護股」及8樓「業務股」辦公。